Biblija poroča, da je voda prišla iz ”studencov velikih globin” in ”nebesnih zapornic” (1. Mz 7:11), po koncu potopa pa so se gore dvignile, doline pogreznile (Ps 104:8) in voda je odtekla na preoblikovano površje. Voda, ki je poplavljala v času potopa, je bila ves čas na Zemlji, in sicer na površju, pod površjem in v atmosferi. Vode potopa so današnji oceani in morja. Čedalje več dokazov govori v prid tega, da je še danes pod zemeljskim površjem ogromno vode, zaradi izrednega pritiska je shranjena tudi v mineralih (Bergeron, L. 1997. Deep waters, cit. po Batten in sod., 2013). ”Studenci velikih globin” in ”nebesne zapornice” zvenijo pravljično, vendar lahko pomenijo povsem realne ogromne oceanske in podzemne vire vode, ki so na začetku potopa bruhnili na površje, nato pa kondenzirali v atmosferi in povzročili dolgotrajno ekstremno globalno deževje. Alternativna razlaga je ideja, da ”nebesne zapornice” pomenijo sfero vode (ali ledu ali pare), ki naj bi pred potopom obkrožala Zemljo na veliki višini, vendar proti tej trditvi govori več argumentov: problem tlaka, vročine, absorbcije svetlobe, problem obstojnosti sfere in premalo vode v primeru tanke sfere  (Brown, 2001).